Биологические фильтры очищают воду с помощью бактерий, которые зафиксированы в фильтрующем материале. Они там размножаются и, разлагая азотсодержащие соединения, преобразуют их одни в другие. Поскольку при этом бактерии потребляют кислород, процесс также называют аэробным распадом.
Для того чтобы биологический фильтр хорошо функционировал, необходимо наличие большого количества бактерий и хорошей аэрации воды.
Если в аквариуме достаточное количество живых камней, то в равномерно заселенном рифовом аквариуме от биологического фильтра можно отказаться, но не в аквариуме, где содержатся только рыбы и который плотно заселен.
Струйный фильтр
Для аквариумов, в которых содержатся только рыбы, или для густо населенных рифовых аквариумов лучше всего подходят струйные фильтры. Вода струится через фильтрующий материал, что регулируется с помощью распылительного стержня, и кювет с дренажными отверстиями. При этом фильтрующий материал только увлажняется и находится в постоянном контакте с воздухом. Насыщение воды кислородом при этом очень высокое, бактерии получают достаточное количество кислорода для окисления продуктов распада. Мощность фильтра зависит от площади поверхности наполнителя, на котором развиваются бактерии. Чем она больше, то есть чем более пористый материал, тем лучше работает фильтр. Фильтрующий материал не следует укладывать слишком плотно, иначе фильтр быстро забьется и перестанет работать.
Водорослевый фильтр
Водоросли забирают из воды не только полезные питательные вещества, микроэлементы и минералы, но также и вредные вещества, такие как нитраты, фосфаты и т.д. Лучше всего использовать низкий аквариум с большой площадью поверхности, полностью засаженный водорослями, например Caulerpa, и отдельно освещаемый. Водоросли необходимо часто менять, чтобы обеспечивать удаление вредных веществ из круговорота.