Очищение воды от вредных веществ в морской аквариумистике чрезвычайно важно. Органические отходы и продукты их распада (неорганические питательные вещества) попадают с калом рыб, кормом а также в результате реакций обмена бактерий и водорослей в воду, где они — если не предпринимать никаких мер — накапливаются в той или иной форме. Высокие концентрации неорганических питательных веществ (к примеру, нитратов или фосфатов) очень негативно влияют на аквариумный биотоп. Начинается интенсивный рост водорослей, особенно нежелательных «мажущихся» и нитчатых водорослей.
Рыбы очень чутко реагируют на высокий уровень отдельных биологических продуктов распада (например, нитрита), а многие кораллы, в особенности твёрдые кораллы, приостанавливают свой рост и даже погибают. Следовательно, для удаления органических и неорганических вредных веществ из аквариумной воды нужна эффективная система фильтрации. Оба круговорота — и органики, и неорганики — а именно круговорот азота и круговорот фосфора очень интересны для аквариумистики — и будут представлены ниже.