Для фильтрации воды существуют механические, химические и биологические фильтры, которые обычно используют в сочетании друг с другом.
Механическая фильтрация
Механическая фильтрация необходима. В механическом фильтре вода проходит через фильтрующий наполнитель — вату, песок, поролон и т.д., взвешенные частицы, такие как водоросли, детрит и остатки корма, при этом из воды удаляются. Растворенные в воде вещества свободно проходят через такие фильтры и по-прежнему загрязняют воду. Поэтому наряду с грубой механической фильтрацией вода должна проходить биологическую, химическую и бактериологическую очистки.
Для механической фильтрации подходят только скоростные механические фильтры. Фильтры-коробки и донные фильтры с точки зрения морской аквариумистики давно ушли в прошлое.
Канистровый фильтр
Канистровый фильтр состоит из электронасоса, соединяющегося шлангами с пластмассовой коробкой, в которой находится фильтрующий материал. С помощью мощного насоса вода засасывается, и большая часть грубых частиц остается на фильтрующем материале. В зависимости от степени загрязненности воды фильтрующий материал необходимо чистить или, соответственно, удалять каждые три дня, поскольку в нем образуются комки и снижается мощность работы фильтра. Если слишком долго тянуть со сменой или промывкой фильтрующего материала, задержанные частицы измельчаются и вновь поступают в воду.
Поверхностный фильтр
Поскольку на поверхности воды не должна образовываться пленка из взвешенных частиц, пыли, бактерий и т.д., уменьшающая газообмен и проникновение света, необходимо производить фильтрацию поверхностных слоев воды. При использовании поверхностного фильтра вода по водостоку проводится в расположенный ниже фильтрующий резервуар. Водосток плотно заполнен фильтрующим волокном или ватой. Вода может подаваться в нижний резервуар непосредственно через отверстия для стока, проходя через фильтрующий материал, который необходимо ежедневно чистить.
Диатомовый фильтр
Фильтр наполнен скелетами морских кремниевых водорослей и останками планктона. Этот материал, называемый также диатомовая земля, может задерживать даже возбудителей паразитарных болезней (личинок различных паразитов). Такой фильтр хорошо использовать при вспышках заболеваний.