В зависимости от фильтрующей системы аквариум может иметь отверстия, через которые аквариумная вода поступает по трубкам в фильтрующий аквариум. Решающим здесь является то, чтобы поверхностная вода проходила через фильтр, поскольку именно на поверхности образуется бактериальная плёнка, состоящая из всевозможных бактерий, водорослей и других мельчайших частиц. Эта плёнка увеличивает нагрузку на биологическое равновесие аквариума, нарушает его эстетическое восприятие, а также изменяет качество и количество света, который попадает в аквариум. К тому же, она препятствует пассивному газообмену на поверхности воды.
Чтобы не допустить образования пленки, используется откачка поверхностной воды. Для этого в одном из задних углов приклеивается небольшая коробочка, верхние края которой находятся непосредственно под поверхностью воды. Поверхностная вода переливается через край и попадает через высверленное отверстие, расположенное ниже коробочки, в фильтрующий аквариум. Чтобы рыб или беспозвоночных не засосало течением, верхний край коробки нужно закрыть частым гребнем, через зубцы которого может пройти только вода. Из фильтрующего аквариума вода возвращается в основной аквариум с помощью соответствующей помпы.