Планктон является важнейшим компонентом экосистемы кораллового рифа. Это утверждение становится вполне очевидным, если учесть, что в составе донной фауны рифа преобладающее место занимают фильтраторы и седиментаторы, которые питаются планктоном (Glynn, 1973). В составе сообществ рифовых рыб почти треть видов представлены планктофагами. Планктоном питаются и подавляющее большинство личинок рыб и донных беспозвоночных. В то же время планктон вод коралловых рифов изучен пока еще в гораздо меньшей степени, чем планктон открытых районов океана.
Представления о значении планктонного сообщества в последние годы быстро меняются. Происходит интенсивное накопление новых данных с применением современных методов. При этом особое значение имеет развитие исследований микропланктона и его продукции. Постепенно становится все более явной и основная функция планктона в экосистеме рифа, которая состоит в осуществлении энергетической взаимосвязи донных биоценозов между собой и их связи с сообществами пелагиали омывающих рифы вод открытого океана (Сорокин, 1986).