Сидячие туникаты асцидии относятся к грубым фильтраторам рифа. Они способны отфильтровывать бактериальные агрегаты, фитонианктон и взвешенный детрит (Сорокин, 1971; Sorokin, 1978а). Многие рифовые асцидии являются важным элементом криптофауны. Среди них есть одиночные и колониальные формы Именно последние преобладают в сообществах рифа. Тело асцидий находится внутри туники, состоящей из плотного вещества туницина, в состав которого входят полисахаридные волокна, армированные структурным белком и мелкими карбонатными спикулами. У колониальных форм зооиды помещаются в общей тунике. При этом у одних таксонов (Polyclinidae, Polycitoridae, Botry Uinidae) они целиком заключены в общей тунике, а у других объединены общей туникой только у своего основания (Skavelinidae, Perophoridae). Колониальные формы асцидий образуют обычно инкрустирующие колонии толщиною 5-10 мм, которые обрастают скальные поверхности, отмершие кораллы или щели под камнями. Поток воды проходит в глотку под воздействием выстилающего ее ресничного эпителия. Взвесь оседает на слизи, которая затем заглатывается.
Важная особенность некоторых асдидий, населяющих рифы, состоит в их симбиозе с одноклеточными водорослями — прокариотами Prochloron (Levin et al., 1980; Kott, 1982; Paerl, 1984). Это в основном представители сем. Didemnidae (роды Didemnium, Trididemnium, Diplosoma, Ussoclinum, Echinoclinum). Водоросли располагаются у них в гастральной, жаберной и клоачной полостях внеклеточно. Симбионты асцидий водоросли Prochloron вначале отождествлялись со специализированным прокариотическими синезелеными хроококками, с которыми они имеют морфологическое сходство (Newcomb, Pugh, 1975). Однако позже было показано, что по своему пигментному составу они отличны от синезеленых, поскольку у них отсутствует фикобилин, но присутствует хлорофилл "а", что делает их светособирающую систему сходной с таковой у зеленых водорослей (Alberte et al., 1986). Поэтому симбиотические водоросли асцидий были выделены в отдельную группу Prochloron. Эти прокариотические водоросли занимают промежуточное положение между зелеными и синезелеными водорослями (Lewin, 1977, 1984). Клетки их имеют округлую форму. Их диаметр варьирует у разных видов асцидий от 10 до 30 мкм (Kott, 1982; Alberte et al., 1986). Содержание хлорофилла "а" в симбиотических аснидиях составляет 2—5 мг/г сухого веса их тела. Отношение хлорофшшов "а" и "б" близко к 3-6 (Lewin, Cheng, 1983).
Интенсивность фотосинтеза симбиотических асцидий-дидемнид в середине дня близка к 2-5 мкг О2/г сухого веса в час или около 9 мкг О2/мкг хлорофилла в час. Валовый суточный их фотосинтез близок к 70 мг О2/мг хлорофима "а" в сутки. Отношение суточных величин валового фотосинтеза и дыхания оказалось близким к 0,6. В середине дня фотосинтез несколько превышает дыхание. Симбиотические асцидии могут покрывать за счет фотосинтеза около половины своих трат на обмен (Kott et al., 1984; Olson, Porter, 1985). Симбионта асцидий способны фиксировать молекулярный азот (Paerl, 1983). Установлено, что колонии некоторых симбиотических дидемиид могут передвигаться по поверхности со скоростью 0,5-1 см в сутки, выбирая более освещенные участки (Birkeland et al., 1981).
Как уже отмечалось, в составе асцидий коралловых рифов преобладают их колониальные формы. Они представлены преимущественно семействами Didemnidae, Polycitoridae, Polyclinidae, Corellidae, Polyzonidae. Одиночные асцидии входят в состав семейств Ascidiidae, Diazonidae, Styelidae, Pyuridae, Всего на рифах Индо-Падифики насчитывается около 200 видов асдидий (Eldredge, 1967). В числе наиболее массовых асдидий на рифах: Diplosoma, Tridemnium, Didemnium, Lissoclinum, Rhopalea, Podoclavella, Eudistoma, Aplidium, Ascidia, Perophora, Polycarpa, Symplegma, Pyura, Molgula. Асцидии являются важнейшим элементом биофильтра рифа и заметным компонентом бентоса. Они служат источником питания многих рыб-бентофагов, хищных моллюсков, декапод и полихет, иглокожих.