Голотуриям принадлежит ведущая роль в составе подвижного макробентоса дна лагун и мелководных биотопов лагуны и флета, занятых рыхлыми осадками и обломочным материалом. Некоторые их виды обитают под камнями. Голотурии являются вторым по значению после рыбы объектом промысла в зоне рифов. Вес взрослых экземпляров крупных их видов достигает 1—2 кг. Средняя биомасса голотурий в зонах их массового расселения составляет от 100 до 500 г/м2 при численности от 0,2 до 40 экз./м2 (Bakus, 1968; Webb et al., 1977; Левин, 1979: Shelley, 1985). Максимальная концентрация голотурий — 200 экз./м2. Holothuria difficilis — была зарегистрирована в ночное время на атоле Эниветок (Bakus, 1973). Большинство голотурий — грунтоедов способные к частичной избирательности потребляемых со дна компонентов донного осадка. С помощью своих ротовых щупалец они отбирают более питательные компоненты грунта: фораминиферы, детритные частицы, микроводоросли фитобентоса. Доказательством избирательности питания голотурий служит факт обогащенности заглатываемого ими материала азотом и углеродом по сравнению с их содержанием в окружающем грунте, а также в 2—3 раза более высокое содержание в нем бактериальной биомассы. Главным же питательным компонентом заглатываемого голотуриями донного осадка являются бактерии (Сорокин, 1971; Moriarty, 1982). Усвояемость ими бактериальной биомассы близка к 30—40%.
Важнейшая экологическая роль голотурий в донных биотопах рифа состоит в биотурбации донных осадков. При достаточно высокой плотности заселения голотуриями мелководных зон лагуны они за месяц пропускают через свой кишечник весь верхний слой осадка. Подсчеты показали, что на атолле Ронгелап обитающие там 5 млн голотурий (Holothuriaatra и Н. leucospilota) за год пропускают через себя около 250 тыс. т. песка (fonham, Held, 1963). Под действием их желудочного сока происходит растворение около 1 % заглоченного ими известкового материала. При биомассе голотурий 200 г/м2 сухой вес заглатываемого ими за сутки осадка составит 200—300 r. Таким образом, при этом будет растворяться 3—4 г кальцита, что составляет почти 20% средней скорости кальцификации, протекающей в донных биотопах рифа за счет роста кораллов и известковых водорослей (Webb et al., 1977). Потребляя верхний слой донных осадков рифа и пропуска его через кишечник, голотурии в значительной степени регулируют развитие в нем фитобентоса и микрозообентоса и подавляют развитие мейобентоса (Renaud-Mornant, 1977). Голотурии растут довольно быстро. Среднегодовая величина коэффициента Р/В у них выше, чем у многих других крупных донных беспозвоночных, составляя 1,5 —2,5 в год. Поэтому при достаточно высокой их средней биомассе в биотопах лагуны и флета их продукция составляет существенную долю общей продукции зообентоса.
Общее число видов голотурий в бассейне Индо-Пацифики около 140. В пределах отдельных рифовых систем число их видов варьирует в пределах от 10 до 60. В донных сообществах центра Б. барьерного рифа Австралии насчитывается 21 вид голотурий, на рифах Мадагаскара — 48 видов (Hammond et al., 1985; Conand, 1985). Среди голотурий, населяющих коралловые рифы, преобладают представители трех их основных семейств: Holothuriidae, Stychopidae и Synaptidae. Наиболее массовыми стихопидами являются крупные голотурии Stychopus chloronotus, S. variegatus и Thelcnota apanas. Длина отдельных экземнияров стихопусов достигает 1 м. Голотурииды представлены на рифах такими массовыми видами голотурий, как Holothiria atra, Н. lucospilota, Н. edulis, Н. arenicola, Н. argus, Н. difficilis, Н. scabra, Н. hilla, Н. albiventer, Н. coluber, Halodcima atra, Н. edulis, Actinopyga echinites, А. mauritania, А. miliaris, Bohadschia argus, В. marmorata. Среди массовых видов синаптид: Euapta lappa, Synapta maculata, Synaptula recta. На рифах в зоне мягких грунтов встречаются также сидячие голотурии из сем. Dendrotrichidae. Тело этих голотурий полностью укрыто в толще осадка. Наружу в толщу воды выходят их длинные кустистые сократимые щупальца, которые склеивают слизью и захватывают пищевые частицы из толщи воды и с поверхности грунта. Массовыми их представителями являются Cucumaria, Pentacta.
Крупные голотурии защищены от выедания прочной туникой. Голотурии Actynopiga parvula, Holothuria difficilis и ряд других видов выбрасывают в случае опасности клейкие ядовитые кульвериановы нити, которые выполняют защитную функцию. Значительная часть видов голотурий ядовиты для рыб (Bakus, 1968, 1973). Поэтому на рифах, заселенных человеком, главной причиной их смертности является промысел. Сушеные туники голотурий (трепанги) расцениваются как деликатес в странах Юго Восточной Азии и островов Тихого океана (Bakus, 1973; Conand, 1981). В числе важнейших промысловых голотурий — представители родов Holothuria, Thelenota, Microthele, Actinopyga. Суточная продукция биомассы двух видов съедобных голотурий Holothuria atra и Actinopyga echinites на мелководьях рифов у Новой Каледонии составляет около 1 т/га в год или около 40 кг/га чистого сушеного мяса трепанга. Скорость их роста близка к 0,5-1 см и прирост — 15-25 г/экз. за месяц.