Лагуна представляет собой замкнутую, окаймленную кольцевым рифом или отгороженную от берега барьерным рифом депрессию с глубинами 5-50 м. Прибрежные лагуны в виде ложбины с песчаным дном шириною 20-50 м, тянущиеся вдоль берега, имеются и у некоторых окаймляющих рифов. Глубина лагуны отдельных рифов и ее состояние зависят от стадии эволюции, в которой находится конкретный риф, а также от срока достижения рифом поверхности моря в период голоценового роста. Представление о распределении глубин в лагуне крупного тихоокеанского кольцевого рифа на средней стадии его развития дают промеры, выполненные на атолле Такапото (о-ва Туамоту) . В лагуне атолла 15% ее площади занимают глубины от 0 до 10 м, 28% — глубины 10—20 м, 30% — глубины 20—30 м, 22% — глубины 30—40% м, 5% — глубины 40—45 м (Chevallier et al., 1979). На рифах, находящихся на более поздних стадиях развития, лагуны более мелководны (средняя глубина 3—6 м). До половины площади их заняты патч-рифами и зарослями ветвистых кораллов, среди которых на атлантических рифах преобладает Acropora cervicornis, а на индо-тихоокеанских — А. formosa. Примером таких рифов, по нашим наблюдениям, являются Херон, Вистари и Уантри из группы Каприкорн на юге Большого барьерного рифа Австралии. Патч-рифы широко распространены и в лагунах многих атлантических кольцевых рифов (Milliman, 1969) .
В глубоких лагунах дно, как правило, также не бывает ровным (рис. 2.1 А). Со дна многих лагун с глубиною от 30 до 40 м поднимаются отдельные коралловые бугры ("pinnacles") , которые иногда достигают поверхности моря (Milliman, 1969; Chevallier et al., 1979). Некоторые из этих бугров имеют диаметр до 200 м. На дне лагун часто встречаются заросли ветвистых кораллов или отдельные колонии крупных массивных кораллов. В самых мелководных зонах лагуна распространены микроатоллы (Chevallier et al., 1969), а также заросли макрофитов и морских трав. Лагуны кольцевых и барьерных рифов, как правило, занимают большую часть общей гшощади рифа. На их долю приходится до 70% всей массы карбонатного материала, накапливаемого сообществом растущего рифа (Goreau, 1963). Основное пространство диа лагун кольцевых и барьерных рифов занято рыхлыми карбонатными осадками: обломочным материалом, коралловым песком или карбонатдами и карбонатно-терригенными илами. При этом более грубые осадки отлагаются в мелководной части лагуны с интенсивной турбулентностью. Часто у самой береговой линии лагуда отлагается только обломочдай материал, в более глубоких частях дна лагун отлагаются грубые и средние коралловые пески (глубины 5-20 м), на дне лагун с глубиной более 35-40 м обычны карбонатные илы.
В заключение отметим, что существуют и другие подхода к описанию зональности коралловых рифов путем выделения типичных биотопов (Rosen, 1975; Pichon, 1978) или подводных ландшафтов (Преображенский, 1986). Система подводных ландшафтов, предложенная Б.В. Преображенским, может быть полезной дня полевого описания рифа. Однако она мало что дает дня понимания строения и происхождения отдельных элементов геоморфологии и зональности рифа, поскольку выделяемые ландшафты лишь поверхностно отражают действие формообразующих биологических и физических факторов на строение рифа. К тому же эта система явно не полна, а при желании можно выделить еще минимум десяток столь же типичных ландшафтов.