Свидетельством интенсивной эрозии скального основания рифов является их необычано сложный рельеф. Подножие, поверхность и подветренный край флета рифов изрезаны рвами, трещинами, дырами, ямами, пещерами (Ginsburg, 1983). Эрозия скального основания флета протекает главным образом биологическим путем под воздействием животных, обитающих на рифе. Однако существенную роль в ней играют также механическое воздействие прибоя и физико-химические процессы. Прибой воздействует на твердые конструкции рифа, обламывая их и вынося за пределы флета образующиеся обломки. Существенная эрозия происходит за счет абразивного воздействия обломочного материала, который движется по поверхности флета под воздействием волнения и приливно-отливных течений. Эрозия поверхности флета ускоряется процессом выветривания пористой поверхности известняка за счет роста кристалликов морской соли при испарении с нее морской воды во время осушки рифа при отливе. Химическая эрозия идет за счет растворения карбоната кальция под действием дождевой и морской водль Этот процесс ускоряется за счет обогащения воды над рифом и особенно вод лагуны углекислотой, выделяющейся при деструкции органического вещества, которая протекает в донных осадках рифа с большой интенсивностью, достигая 3-5 г С/ (м2·сут). Особенно интенсивно процесс обогащения воды свободной углекислотой и соответственно снижения ее рН идет ночью в воде, остающейся в углублениях флета и на мелководьях рифа, поскольку в ночное время образующаяся углекислота не потребляется за счет фотосинтеза. Вода лагуны, обогащенная ночью углекислотой, проходя над флетом, способствует растворению известняка на его поверхности. Зоны, обогащенные углекислотой, особенно в ночное время, образуются на флете под слоем талломов обрастающих его макрофитов, и в ходах, высверленных животными, за счет дыхания заселяющей их микрофлоры и фауны. Основными агентами биологической эрозии консолидированного известняка и кораллов являются населяющие их сверлящие механизмы (грибы, водоросли, беспозвоночные), а также скребущие и грызущие беспозвоночные и рыбы рифа, которые питаются кораллами и перифитонными обрастаниями флета (Trudgill, 1983). В числе сверлящих грибов, обитающих в толще известковой основы колоний кораллов, обнаружены представители родов Aspergillus, Cladosporium, Penicillum, Phialophora (Kendrick, et al., 1982). В составе сверлящих водорослей преобладают зеленые нитчатки Ostreobium и синезеленые водоросли Hormatonema (Alexandersson, 1975; Kobluk, Risk, 1977). Растворяя кристаллы карбоната кальция, их нити проникают в глубь колоний.
Сверлящие губки и моллюски высверливают в скальном известняке флета, в живых и мертвых кораллах и в их обломках целые сетки ходов (Rutzler, 1975). Сверлящие моллюски Lithophaga сверлят хода в колониях живых кораллов, особенно ветвистых их форм, таких, как Acropora и Pocillopora. Они ослабляют тем самым прочность основания колоний кораллов, что способствует их разрушению под действием прибоя. В поясе тайфунов воздействие сверлящих организмов является одной из главных причин разрушения зарослей ветвистых кораллов на внешнем склоне рифа до глубин 10—15 м. Ослабление прочности колоний кораллов сверлящими животными является причиной гибели около 90% всех кораллов, разрушаемых штормами (Warme, 1977). В числе основных сверлящих животных рифа следует указать губок из рода Cliona, Anthosigmella и Siphonodictyon, сипункулид (Phascolosoma), полихет (Eunice miticulata, Hypsicomus elegans) , усоногих раков (Lithophrya dorsalis), двустворчатых моллюсков Lithophaga, Gastrochaena, Petricola, гастропод верметид (Dendropoma), ежей (Ehinometra). Последние рассверливают своими норами до 30% поверхности флета у края рифов Виргинских островов в зоне роста кораллин, чем способствуют их разрушению волнобоем (Adey, 1975).
Примерные оценки эрозии рифа сверлящими животными дали величины порядка килограммов на 1 м2 за год. По данным ряда авторов, одни только губки Cliona могут разрушить скального известняка флета намного больше, чем его продуцируют герматипные организмы — до 7-20 кг/ (м2·год). Такие величины, вероятно, близки к максимально возможным. Другие авторы приводят величины более чем на порядок ниже — 0,37 кг/(м2·год) (Stearn, Scoffin, 1977). На долю биогенной эрозии приходится около 2/3 суммарной эрозии. Остальная ее часть приходится на долю физико-химических процессов (Trudgill, 1976).
Масса рыхлого карбонатного материала, образующегося в результате эрозии скального флета в виде песка и обломочного материала, переносится течениями и мигрирующими животными (в основном рыбами) в другие зоны рифа. Продукция рыхлого материала за счет биоэрозии является, таким образом, одним из главных путей формирования донных осадков в зоне кораллового рифа (Stoddart, 1969; Stearn, Scoffin, 1977; Davies, 1983). Следовательно. скальное основание современных рифов, достигнув в процессе роста поверхности моря и превратившееся в риф-флет, фактически прекращает свой вертикальный рост, хотя и остается зоной интенсивной кальцификации (Stearn et al., 1977). Но при этом эрозия осушаемой поверхности флета настолько возрастает, 'По становится соизмеримой с продукцией консолидированного известняка кораллами и кораллинами. Таким образом, прекративший свой вертикальный рост флет остается местом интенсивной продукции известкового материала, который выносится за пределы флета, в основном в сторону подветренной части рифа, и включается в процесс горизонтального и вертикального роста известковой конструкции погруженных его частей (Maxwell, 1968).