Соленость вод в зоне рифов формируется под действием ряда факторов. В их числе испарение, которое здесь идет весьма интенсивно, особенно в перегретый водах на мелководьях, а также обнажающихся во время отлива участках дна. Вторым важным фактором являются дождевые осадки, которые особенно интенсивно выпадают в зонах приконтинентальный рифов или рифов у крупный гористый островов. Таковы, например, рифы у восточных побережий Австралии, Вьетнама, Новой Гвинеи, Гавайских островов. Особенно интенсивными бывают осадки в зимний сезон дождей. Выпадение осадков увеличивает сток с суши, что также оказывает влияние на соленость вод в зоне рифа (Wolanski, Senden, 1983). Часто в таких регионах сильное распреснение воды приводит к отмиранию кораллов. Колебания солености рифовый вод могут происходить также за счет их смешения с океанскими водами. В водах лагун приконтинентальный и приостровной барьерный рифов соленость может меняться под действием этих факторов на 2-5% в разные сезоны года. Так, в лагуне Б. барьерного рифа Австралии в первой половине лета за счет интенсивного испарения соленость вод возрастает до 36%, а осенью в период дождей она снижается до 28-32% (рис. 4.7) при средней солености окружающих вод кораллового моря 35,4% (Brandon, 1973). Резкие изменения солености вод на 1-3% отмечаются здесь и в период паводка рек, впадающих в лагуну (Wolanski, Senden, 1983).
В лагунах атоллов с интенсивным водообменом, таких, как атолл Бикини, соленость мало отличается от таковой окружающих вод океана (34,59% против 34,55% Ford, 1949). В лагунах замкнутых атоллов с ограниченным: водообменом соленость вод за счет испарения может возрастать до 38-40%. Такова, например, лагуна атолла Кантон, о-ва Феникс (Smith, Jokiel, 1975). Дальнейшее засоление вод таких лагун, имеющих время водообмена 1-2 года, предотвращается лишь обменом вод лагуны с водами океана через пористую стенку кольцевого рифа (Salvat, 1981). В толще воды лагун градиенты солености, как правило, очень малы (0,05-0,2% на 50 м, Ford. 1949).
Диапазон колебаний температуры воды в зоне коралловых рифов бывает весьма значительным: даже в пределах одного региона (Pickard, 1983). Особенно велик он в зонах высокоширотных рифов, расположенных у границ тропической зоны (Potts, Swart, 1984). На рифах Персидского залива и Красного моря в разные сезоны температура вода меняется от 16 до 40 °С (Kinsman, 1964) . На высокоширотных рифах Аброльхос (28-29° ю.ш., Западная Австралия) температура воды меняется в течение сезона от 17 до 26° и в южной части Б. барьерного рифа (22-23° ю.ш.) от 18 до 30°С (рис. 4.8), (Kinsman, 1964; Pickard, 1983) . Однако даже на низкоширотных рифах суточные колебания температуры в мелководных участках могут достигать 5-8°C. В толще воды лагун и внешнего склона суточные колебания температуры сравнительно невелики.
В виду интенсивной гидродинамики вод в лагунах атоллов и барьерных рифов вертикальная термическая стратификация в них, как правило, выражена очень слабо. Вертикальный температурный градиент даже при их глубинах до 60 м составляет всего 0,5-2°С, причем изменения температуры начинаются на глубинах более 20-30 м. При этом главная причина понижения температуры в придонных слоях глубоких лагун состоит в том, что во время прилива через проходы между рифами поступают более холодные воды (Andrews, 1983).